Cách lên cầm quyền tương đối êm ả của Aquino sau cuộc Cách mạng Quyền lực Nhân dân đã khiến cộng đồng quốc tế tôn vinh bà như một thần tượng dân chủ. Bà được Tạp chí Time chọn là Nhân vật của Năm vào năm 1986. Bà cũng được đề cử cho Giải Nobel Hòa bình (nhưng không được giải). Vào tháng 9 năm 1986, Aquino đã phát biểu trước lưỡng viện Quốc hội Hoa Kỳ và được ngắt lời bằng tiếng vỗ tay nhiều lần, và Chủ tịch Hạ viện Tip O'Neill gọi đó là "diễn văn hay nhất mà tôi được nghe qua trong 34 năm tôi làm việc trong Quốc hội."

Trong sáu năm dưới chính phủ Tổng thống Aquino, một hiến pháp mới đã được thông qua, cũng như một số cải cách luật pháp, kể cả một luật cải cách ruộng đất. Trong khi các đồng minh của bà giữ đa số ghế trong cả hai viện quốc hội, bà gặp phải nhiều đối lập từ cuộc nổi dậy cộng sản và những quân nhân cánh hữu đã vài lần đảo chính. Chính phủ của bà cũng đã phải đối phó với một vài thiên tai lớn, cũng như một cuộc khủng hoảng điện lực đã ngăn trở nền kinh tế Philippines. Cũng dưới chính phủ bà, Mỹ bắt đầu rút quân ra khỏi các căn cứ quân sự tại Philippines.

Cải cách hiến pháp và luật pháp

Một tháng sau khi nhậm chức, Aquino đã đưa ra Công bố số 3, tuyên bố chính phủ bà là một chính phủ cách mạng. Bà làm mất hiệu lực Hiến pháp năm 1973 đã được đặt ra trong tình trạng thiết quân luật, và ban bố một "Hiến pháp Tự do" lâm thời trong lúc một hiến pháp mới chưa được ban hành.[13] Bà cũng đã hủy bỏ cơ quan lập pháp Batasang Pambansa (Quốc hội) và tổ chức lại các thành viên trong Tòa án Tối cao. Tháng 5 năm 1986, Tòa án Tối cao mới tổ chức lại tuyên bố chính phủ Aquino "chẳng những là một chính quyền thực tế (de facto) mà còn là một chính quyền hợp pháp (de jure)", và đã được cộng đồng các quốc gia trên thế giới công nhận là chính thống.[14]

Aquino bổ nhiệm 48 thành viên trong một Ủy ban Hiến pháp với nhiệm vụ là phác thảo một hiến pháp mới. Ủy ban, dưới sự quản lý của chủ tịch Cecilia Muñoz-Palma, một thẩm phán Tòa án Tối cao đã về hưu, hoàn tất bản thảo cuối cùng vào tháng 10 năm 1986[15] Hiến pháp 1987 được phê chuẩn qua một cuộc trưng cầu dân ý vào tháng 2 năm 1987.

Cả hai Hiến pháp Tự do và Hiến pháp 1987 cho phép Tổng thống Aquino thi hành quyền lập pháp cho đến lúc một Quốc hội mới được tổ chức.[16] Bà tiếp tục thi hành quyền lập pháp cho đến khi Quốc hội được tổ chức dưới Hiến pháp năm 1987 được triệu tập vào tháng 7 năm 1987. Trong thời gian đó, Aquino đã ban hành hai bộ luật có nhiều cải cách quan trọng - Bộ luật Gia đình năm 1987 đã cải cách luật pháp dân sự (civil law) về quan hệ gia đình và Bộ luật Hành chính năm 1987 đã tổ chức lại cấu trúc của nhánh hành pháp của chính phủ.

Tuy nhiên, thay vì không thừa nhận các món nợ của chế độ cũ, Aquino đã nhận trả các món nợ đó.[17] Năm 1991, Aquino đã ban hành Bộ luật Chính quyền Địa phương, một phần được viết bởi Aquilino Pimentel, bộ luật này trao nhiều quyền hạn của chính quyền trung ương cho chính quyền địa phương. Bộ luật mới tăng quyền lực các địa phương để đánh thuế địa phương, và đảm bảo họ một phần của thu nhập quốc gia.

Cải cách ruộng đất

Tổng thống Corazon Aquino phát biểu với nhân viên các căn cứ quân đội tại một cuộc mít tinh ở Remy Field về công ăn việc làm cho các nhân viên người Philippines sau khi người Mỹ rời bỏ các căn cứ

Ngày 22 tháng 7 năm 1987, Aquino đưa ra Công bố số 131 và Chỉ thị Hành pháp số 229, phát ra những nét chính về chương trình cải cách ruộng đất, và mở rộng các thành phần đất đai được cải cách để tính luôn đất sản xuất đường. Chính sách cải cách ruộng đất của bà được Quốc hội thứ 8 thông qua trong năm 1988 thành Luật số 6657, còn được gọi là "Luật Cải cách Ruộng đất Toàn diện" (CARP). Đạo luật cho phép chính phủ chia đất cho nông dân từ đất của địa chủ. Các địa chủ được chính phủ trả tiền bồi thường thích đáng và được phép giứ không quá 5 hecta đất.[18] Địa chủ mà là doanh nghiệp cũng được phép "tự nguyện tước bỏ một phần cổ phần, tài sản hay lợi tức (participation) cho các nhân viên hay những người đủ tư cách thừa hưởng khác", thay vì đưa đất cho chính phủ để chia đất.[19] Tòa án Tối cao xác nhận sự hợp hiến của đạo luật này trong năm 1989, và miêu tả chính sách cải cách ruộng đất như là "một sự sung công lối cách mạng".[20]

Trước khi CARP được thông qua một tổ chức nông dân lớn dưới sự lãnh đạo của Jimmy Tadeo đã cố gắng đem khiếu nại của họ đến chính phủ. Trong các khiếu nại họ đưa ra là sự mong muốn các nông dân được sở hữu đất đai mà họ đang cày cấy. Tuy vậy, họ không đối thoại với Bộ trưởng Cải cách Ruộng đất Heherson Alvarez mà lại diễn hành đến Mendiola và khi nhóm nông dân muốn xuyên qua đường cảnh sát, một vài lính thủy quân lục chiến đã nổ súng, làm thiệt mạng khoảng 12 người và làm bị thương 39 người. Sự việc này đã khiến Ka Pepe Diokno và một số thành viên trong chính phủ Aquino phải từ chức.

Tài sản đất đai của Aquino, được thừa hưởng từ cha mẹ bà, cũng gây ra tranh cãi. Bà sở hữu một đồn điền 6.453 hecta tên là Hacienda Luisita ở Tarlac do công ty Phát triển Tarlac làm chủ.[21] Dưới luật cải cách ruộng đất, công ty Phát triển Tarlac đã thành lập Hacienda Luisita, Incorporated (HLI) để phân chia cổ phần cho các nông dân làm việc tại đồn điền. Doanh nghiệp mới này được sở hữu phần nông nghiệp của đồn điền, và đã chia sẻ cổ phần cho nông dân.[21] Sứ sắp đặt này được duy trì cho đến năm 2007, khi Bộ Cải cách Ruộng đất hủy bỏ chương trình phân chia cổ phần tại Hacienda Luisita, và chỉ thị phân chia một phần lới của cải cho các nông dân.[22] Bộ đã can thiệp vào vụ này khi bạo động xảy ra khi số nhân viên bị giảm bớt tại Hacienda năm 2004, làm thiệt mạng 7 người.[21]

Các cuộc nổi dậy và đảo chính

Tổng thống Aquino chào đón các viên chức trong lúc đang đi qua đường băng hành khách tại Căn cứ Không quân Andrews.

Từ 1986 đến 1989, Aquino đã phải đối đầu với một số cuộc đảo chính không thành[23] do các quân nhân trong Quân đội Philippines để lật đổ chính phủ Aquino. Hầu hết các âm mưu đều là của Phong trào Cải cách Lực lượng Vũ trang (RAM) bao gồm một nhóm sĩ quan trung cấp có quan hệ gần gũi với Bộ trưởng Quốc phòng Juan Ponce Enrile.[24] Các quân nhân trung htafnh với cựu tổng thống Marcos cũng đã tham gia trong một số cuộc đảo chính. Năm cuộc đảo chính đầu tiên đã bị dập tắt trước khi tiến hành hay đã bị đàn áp dễ dàng và không đỏ máu. Lần thứ sáu, tiến hành vào ngày 28 tháng 8 năm 1987, đã khiến 53 người thiệt mạng và trên 200 người bị thương, kể cả con trai của bà, Noynoy.[25] Lần thứ bảy và cuối cùng, diễn ra vào tuần đầu tháng 1 năm 1989, đã kết thúc với 99 người bị chết (kể cả 50 dân thường) và 570 người bị thương.[26]

Mặc dù chính phủ Aquino đã không bị lật đổ, nó cũng đã bị yếu đi vì các cuộc đảo chính đã cho thấy tình trạng chính trị không ổn định, một quân đội bất trị, và đã giảm đi sự tin tưởng của các nhà đầu tư nước ngoài vào nền kinh tế Philippines.[27] Riêng cuộc đảo chính năm 1989 đã đem lại tổn thất từ 800 triệu đến 1 tỷ peso.[28]

Các âm mưu tháng 11 năm 1986 và tháng 8 năm 1987 đã khiến chính phủ Aquino phải tổ chức lại. Do có sự dính líu của Bộ trưởng Quốc phòng Enrile trong âm mưu tháng 11 năm 1987,[29] Aquino đã cách chức ông vào ngày 22 tháng 11 năm 1986 và tuyên bố chỉnh sửa nội các "để cho chính phủ một kê hội bắt đầu lại từ đầu."[30] Cuộc chỉnh sửa đã dẫn đến sự ra đi của Bộ trưởng Lao động Augusto Sanchez, bị xem là một nhân vật cảnh tả, được xem là một biện pháp thỏa hiệp vì những người đảo chính đã đòi hỏi làm sạch các thành viên cánh tả trong nội các.[31] Sau cuộc đảo chính không thành tháng 8 năm 1987, chính phủ Aquino được xem là đi đến cánh hữu, loại bỏ các viên chức bị xem là cánh tả như Bộ trưởng Hành pháp Joker Arroyo và cho phép lập những lực lượng vũ trang bán quân sự để chống lại cuộc nổi dậy cộng sản.[32] Người ta cũng tin rằng Tướng Fidel Ramos, người vẫn trung thành với Aquino, trở thành người có địa vị số 2 sau khi ông đã thành công dập tắt cuộc đả chính.[33] Tất cả các quân nhân cũng được tăng lương.[34]

Bà Aquino đã kiện nhà bình luận cho tờ Philippine Star Louie Beltran và nhà xuất bản Maximo Soliven về tội phỉ báng sau khi Beltran đã viết rằng bà đã trốn dưới gầm giường trong cuộc đảo chính tháng 7 năm 1987 khi Cung điện Malacañang bị bao vây.

Thiên tai và tai nạn

Trong hai năm cuối nhiệm kỳ, chính phủ Aquino đã gặp một loạt thiên tai. Trận động đất Luzon năm 1990 đã làm thiệt mạng khoảng 1600 người, với khoảng một ngàn người thiệt mạng trong Thành phố Baguio. Núi Pinatubo, một núi lửa không hoạt động lâu năm, bỗng dưng phun lửa vào năm 1991 - đây là cuộc phun lửa lớn thứ nhì của thế kỷ 20,[35] làm thiệt mạng khoảng 300 người và làm thiệt hại lâu năm nhiều vùng đất đai tròng trọt ở miền trung Luzon. Thiệt hại nhân mạng cao nhất xảy ra khi Bão Thelma (còn gọi là Bão Uring) đã gây nên lũ lụt ở Thành phố Ormoc vào tháng 11 năm 1991, làm 6000 người chết và trở thành cơn bão chết chóc nhất trong lịch sử Philippines.

Trong nhiệm kỳ của Corazon Aquino nạn điện yếu thỉnh thoảng diễn ra và nhiều nhà đã mua máy phát điện. công ty điện lực quốc gia đã gặp nhiều phàn nàn vì Ernesto Aboitiz, giám đốc công ty điện lực, cũng là một cổ đông trong một công ty bán máy phát điện. Cũng trong nhiệm kỳ của Aquino mà chiếc tàu MV Doña Paz bị đắm, trở thành tai nạn đường thủy tai hại nhất trong lịch sử Philippines. Tai nạn này xảy ra vào tháng 12 năm 1987, làm thiệt mạng hơn 1700 người.

Vai trò trong cuộc vận động tranh cử tổng thống năm 1992

Vì hiến pháp do chính bà ban hành không cho phép tổng thống phục vụ hơn một nhiệm kỳ 6 năm, Aquino không thể ứng cử trong cuộc bầu cử tổng thống năm 1992. Thay vào đó, Aquino đã ủng hộ Bộ trưởng Quốc phòng Fidel V. Ramos (lúc đầu bà đã chỉ định Ramon Mitra, Jr., cựu Bộ trưởng Nông nghiệp trong nội các của bà và sau đó là Chủ tịch Hạ viện làm ứng cử viên của mình). Marcos chính là phó tổng tư lệnh trong thời Marcos và việc ông đi theo phía Aquino là một bước đi then chốt trong cuộc cách mạng nhân dân. Lựa chọn này không được những người ủng hộ bà ủng hộ lắm, trong đó có Giáo hội Công giáo (Ramos là một tín đồ Tin Lành). Ramos thắng cử với 23,58% số phiếu và kế nhiệm Aquino làm tổng thống vào ngày 30 tháng 6 năm 1992.